医药行业一直存在多、小、散、乱现象，有许多不规范的流程。17年伊始，国务院医改办会同国家卫生计生委等8部门联合印发《关于在公立医疗机构药品采购中推行“两票制”的实施意见（试行）的通知》，2017年进一步扩大“两票制”实施范围，争取2018年在全国全面推开。该通知对医药行业的税收监管提出了更高要求。汉特税务通将就医药行业在增值税管理中的难点和应对方案进行梳理和分析。

一、分支机构增值税发票管理

各医药公司下属分支机构较多，还有许多是个体医药代表挂靠在其名下，名为公司的分支机构，每月进项票在医药公司抵扣，销项发票也在这些企业开具，实际是自主经营、自行核算、自负盈亏。

根据要求： “药品生产、流通企业销售药品，应当按照发票管理有关规定开具增值税专用发票或者普通发票，发票的购、销方名称应当与随货同行单、付款流向一致、金额一致。流通企业购进药品，应主动向生产企业索要发票。公立医疗机构在药品验收入库时，必须验明票、货、账三者一致方可入库、使用，不仅要向配送药品的流通企业索要、验证发票，还应当要求流通企业出具由生产企业提供的进货发票证据，以便互相印证。”挂靠机构不受医药公司管辖，进销项发票的流向不受控制，不符合增值税发票“三流合一”的要求，导致医药公司承担极大的增值税管理风险。

对于医药企业来说，不管是自有的分支机构还是挂靠机构，都需要进行有效管理，可以使用支持总分支多机构多层级的增值税发票管理系统，通过权限控制将各分支机构的进销项发票进行分别管理。再通过增值税发票管理系统包含的三单匹配功能，将增值税发票与购货单、入库单等进行匹配，保证票、货、账一致，有效防范医药企业在增值税管理中的合规风险。

二、折扣返利等行为的增值税管理

医药企业为了让经销商销售自己的产品，往往采用现金返利或赠送药品、现金折让等方式，对经销公司进行奖励。以往这些行为的税务管理比较混乱，在增值税管理趋于严格的背景下，医药企业的赠送折让等行为都需要在增值税发票上体现出来。

这就要求企业在开具增值税发票时，进行折扣项等特殊处理的填写和开具。对财务人员来说手工填写这些内容比较麻烦和困难，如果可以使用包含自动处理规则的增值税发票管理系统，不仅可以通过规则设置自动进行折扣处理，还可以与税控系统形成接口，实现增值税发票批量和自动开具，对医药企业提高增值税管理效率，节省人力成本产生很大帮助。

三、采购环节进项税抵扣管理

医药管理改革后，医药经销企业进货渠道较多，进项税款抵扣的随意性和灵活性增大。上文提到医药企业集中核算机构和增值税一般纳税人，对其下属分支机构取得的进项税由公司统一抵扣，对每笔进项业务的日期、品种、数量、用途等缺少应有的了解和监督，进项税的真实性和合法性难以认证，出现随意抵扣和蓄意增大进项税等现象。

在“金税三期”的大数据联网监管背景下，医药企业进销产品的所有行为都受到税务部门的监控，企业不合规的增值税进项抵扣、虚抵乱抵都有可能触发税务预警，引起税务稽查等企业税务风险。

面对这种情况，医药企业比较好的方法就是建立增值税进项票据的电子化管理系统，通过将发票信息的电子化与业务进销存等系统的关联，把握每笔进项业务的来龙去脉，依法合规进行增值税进项抵扣或进项税额转出等操作，不仅可以规范医药企业的进项票据管理、实现应抵尽抵优化现金流、为纳税申报提供依据，还可以帮助医药企业获得进项税额的税率、来源等信息，帮助优化采购。

四、员工报销票据管理

医药企业由于业务需要，大量的外勤人员的报销以往都是将报销票据通过邮寄等方式进行传递，工作量和管理成本居高不下。但是员工报销票据又是企业增加进项抵扣、核算成本、降低税负的重要手段，不得不进行有效管理。另外，随着增值税电子发票的推广，员工报销越来越多地涉及到了电子发票的报销。有的医药企业可能通过财务部手工建立电子发票台账来验证发票的唯一性，但无法却保证电子发票的真实性和有效性。

通过增值税管理解决方案的影像共享管理模块，可以轻松实现医药企业办公室、移动端等方式多点扫描、影像共享，自动化完成发票与报销单的核对匹配，防止发票重复报销；同时还可将员工报销的票据信息上传到国税总局的增值税发票查验平台，检查发票的真伪；核对通过之后实现自动付款和记账的功能。提升税务管理绩效，加速员工报销处理流程，保障报销票据管理合法合规。

除了以上提到的医药企业在涉税业务处理中的一些典型问题，税务合规对企业也是至关重要一环。增值税的会计核算和税务管理工作更为细致和复杂，尤其是多个增值税发票管理政策发布、“两票制”推广，使医药企业可能面对的税务风险日趋加大。因此，建立一套增值税管理规范和增值税操作指引，通过系统化的手段对相关风险进行积极防控，这对于医药企业而言有其必要性。